وتكمن خطورة المياه الراكدة في إحتوائها على كم هائل من البكتيريا الاهوائية وهي من أنواع من البكتيريا التي تعيش وتتكائر بدون الأكسجين والتي تسبب العديد من الأمراض مثل التيفوئيد والزهري والكوليرا والإلتهاب الرئوي والدفتيريا وغيرها من الأمراض التي تفتك بحياة الإنسان فخطورة ركود المياه لا يستهان بها خاصة إذا ما كانت هذه المياه تستخدم للشرب.

وللحد من مخاطر ركود مياه الشرب يجب إستخدام معالجة مياه الشرب بالطرق الأمثل للقضاء على هذه الانواع من البكتيريا بشكل آمن وفعال ويمكن ذلك من خلال محطات معالجة المياه الرئيسية او فلاتر مياه الشرب المنزلية وذلك للحصول على مياه شرب صحية بدون مشاكل نمو هذه الأنواع من البكتيريا والجراثيم الآخرى في المياه.

وتجدر الإشارة هنا إلى أن المياه السطحية ومياه الأنهار والبحيرات الغير متدفقة هي بيئة لنمو العديد من الكائنات الآخرى مثل الطحالب والذباب والبعوض وجميعها تشكل خطورة على الصحة بشكل مباشر أو غير مباشر لإن المياه الراكدة هي البيئة الأمثل لهذا النوع من النباتات والحشرات.